我々は
創薬等先端技術支援基盤プラットフォーム（BINDS）に参画し、SACLAにおけるSFX実験支援を行っています。
実験までの流れ
- SFX実験相談：
試料調製や実験条件に関するコンサルティングを行っています。SACLAビームタイムの取得には申請が必要です。年二回の申請となっています（2022年4月現在）。
- SACLAビームタイム8週間～6週間前：
SACLAビームライン研究員を含めて、実験装置の仕様や実験計画について相談を行います。
- SACLAビームタイム当日：
試料準備方法、装置取り扱いなどSFX測定全般に関する実験支援を行っています。
動画マニュアル
SFX実験に必要な動画マニュアルを公開しています。（沢山ありますが、まずは１、2－1、2－4の視聴がお勧めです。）こちらの動画が紹介する方法や装置の詳細は次の論文をご参照ください。
高粘度試料インジェクター
・Shimazua, Y., Tono*, K., Tanaka, T., Yamanaka, Y., Nakane, T., Mori, C., Kimura, T. K., Fujiwara, T., Sugahara, M., Tanaka, R., Doak, R. B., Shimamura, T., Iwata, S., Nango, E*. and Yabashi, M. “High-viscosity sample injection device for serial femtosecond crystallography at atmospheric pressure.” J. Appl. Cryst. 52, 1280–1288 (2019).
結晶輸送媒体 (グリース)
・Sugahara, M., Mizohata, E., Nango, E., Suzuki, M., Tanaka, T., Masuda, T., Tanaka, R., Shimamura, T., Tanaka, Y., Suno, C., Ihara, K., Pan, D., Kakinouchi, K., Sugiyama, S., Murata, M., Inoue, T., Tono, K., Song, C., Park, J., Kameshima, T., Hatsui, T., Joti, Y., Yabashi, M. and Iwata, S. “Grease matrix as a versatile carrier of proteins for serial crystallography”, Nat. Methods 12, 61-63 (2015).
・Sugahara, M., Nakane, T., Masuda, T., Suzuki, M., Inoue, S., Song, C., Tanaka, R., Nakatsu, T., Mizohata, E., Yumoto, F., Tono, K., Joti, Y., Kameshima, T., Hatsui, T., Yabashi, M., Nureki, O., Numata, K., Nango, E., and Iwata, S. “Hydroxyethyl cellulose matrix applied to serial crystallography”, Sci. Rep. 7, 703 (2017).
- グリースを試料輸送媒体で用いる時の調製方法
動画はこちら
- High-viscosity cartridge-type (HVC) インジェクターの使用方法
２－１：Φ4μm カートリッジの場合
動画はこちら
２－２：Φ2μmカートリッジの場合
動画はこちら
２－３：試料充填治具を使う場合
動画はこちら
２－４：HVCインジェクターの組み立て方法
動画はこちら
２－５：インジェクターノズルの洗浄方法
動画はこちら
- インジェクター取り付けなど（今後公開予定）
実験マニュアル
SFX実験に必要な動画マニュアルを公開しています。詳細に関しては次の論文をご参照ください。
回折チャンバーについて（DAPHNIS装置）
・Tono, K., Nango, E., Sugahara, M., Song, C., Park, J., Tanaka, T., Tanaka, R., Joti, Y., Kameshima, T., Ono, S., Hatsui, T., Mizohata, E., Suzuki, M., Shimamura, T., Tanaka, Y., Iwata, S. and Yabashi, M. “Diverse application platorm for hard X-ray diffraction in SACLA (DAPHNIS): application to serial protein crystallography using an X-ray free-electron laser”,
J. Synchrotron Radiat. 22, 532-537 (2015).
高粘度試料インジェクター
・Shimazua, Y., Tono*, K., Tanaka, T., Yamanaka, Y., Nakane, T., Mori, C., Kimura, T. K., Fujiwara, T., Sugahara, M., Tanaka, R., Doak, R. B., Shimamura, T., Iwata, S., Nango, E*. and Yabashi, M. “High-viscosity sample injection device for serial femtosecond crystallography at atmospheric pressure.”
J. Appl. Cryst. 52, 1280–1288 (2019).
データ処理
・Nakane, T., Joti, Y., Tono, K., Yabashi, M., Nango, E., Iwata, S., Ishitani, R., and Nureki, O. “Data processing pipeline for serial femtosecond crystallography at SACLA”,
J. Appl. Crystallogr. 49, 1035-1041 (2016).
・Nakane, T. “Serial Femtosecond Crystallography at SACLA”
https://github.com/biochem-fan/cheetah/wiki ※ データ処理を始める前に必ずご覧ください
結晶輸送媒体 (グリース)
・Sugahara, M., Mizohata, E., Nango, E., Suzuki, M., Tanaka, T., Masuda, T., Tanaka, R., Shimamura, T., Tanaka, Y., Suno, C., Ihara, K., Pan, D., Kakinouchi, K., Sugiyama, S., Murata, M., Inoue, T., Tono, K., Song, C., Park, J., Kameshima, T., Hatsui, T., Joti, Y., Yabashi, M. and Iwata, S. “Grease matrix as a versatile carrier of proteins for serial crystallography”,
Nat. Methods 12, 61-63 (2015).
・Sugahara, M., Nakane, T., Masuda, T., Suzuki, M., Inoue, S., Song, C., Tanaka, R., Nakatsu, T., Mizohata, E., Yumoto, F., Tono, K., Joti, Y., Kameshima, T., Hatsui, T., Yabashi, M., Nureki, O., Numata, K., Nango, E., and Iwata, S. “Hydroxyethyl cellulose matrix applied to serial crystallography”,
Sci. Rep. 7, 703 (2017).
- オペレーション編（第一部）
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- インジェクター&サンプル調製編（第二部）
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- Cheetah pipeline 簡易マニュアル (英語のみ)
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- Cheetah online 立ち上げ簡易マニュアル
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(更新 2022.12.26.)